Tinggal di daerah kumuh kota yang makmur, Rudo dan ayah angkatnya Regto mencoba hidup berdampingan dengan penduduk kota lainnya, tetapi Rudo membenci pemborosan kelas atas. Mengabaikan peringatan dari orang-orang di sekitarnya, Rudo secara teratur mencari-cari di antara sampah kota untuk mencari sesuatu yang berguna atau berharga untuk diselamatkan dari “Abyss”—lubang besar tempat segala sesuatu yang dianggap sampah dibuang, termasuk manusia. Ayah kandung Rudo adalah salah satu orang tersebut, yang telah dilemparkan ke Abyss setelah ia dituduh melakukan pembunuhan.
Suatu hari, setelah bertemu dengan sosok misterius dalam perjalanan pulang, Rudo kembali dan menemukan tubuh Regto yang sekarat di lantai. Ia segera ditemukan di tempat kejadian oleh pihak berwenang dan didakwa melakukan pembunuhan. Tidak seorang pun percaya klaimnya bahwa ia tidak bersalah, dan ia dilemparkan ke Abyss. Namun, alih-alih mati, ia menemukan dirinya di tempat aneh dan berbau busuk yang dikelilingi oleh monster yang terbuat dari sampah.
Ketika Rudo diserang oleh monster tersebut, ia diselamatkan oleh seorang pria bernama Enjin, yang mengaku sebagai “Cleaner”—seseorang yang menggunakan senjata khusus yang disebut Vital Instruments untuk melawan makhluk-makhluk ini. Untuk membalas dendam kepada orang yang membunuh Regto, Rudo dengan berat hati menjadi seorang Cleaner untuk berjuang kembali dan keluar dari Abyss.